Non credo che questa sia una questione etica in primo luogo. La riproducibilità non è pregiudicata dalla necessità di spendere denaro per l'acquisto di software o per la creazione di un esperimento (o esistono acceleratori di particelle open source?).

Sebbene le soluzioni open source siano preferibili per molte ragioni, ci sono chiaramente casi in cui l'uso di un software proprietario P è appropriato:

• Quando è noto (ed è stato verificato) che l'implementazione del metodo M di P è corretta mentre le implementazioni open source note di M non sono (ancora) stati accertati come affidabili. Al contrario, quando l'implementazione open source O è nota per dare risultati corretti mentre per P questo non è stato stabilito, allora chiaramente O dovrebbe essere usato quando c'è una scelta.
• Quando ci si può ragionevolmente aspettare che P sia ampiamente disponibile negli istituti di ricerca (e quindi ai ricercatori), come ad esempio alcuni pacchetti matematici / computazionali.
• Quando P consente un'esecuzione degli esperimenti molto più efficiente (tempo / risorse).
• Quando P è un pacchetto software necessario comunque per estrarre / elaborare dati da uno strumento big-ticket.

Nota che presumo che P possa essere effettivamente acquistato da chiunque. Se P non è disponibile in commercio ma piuttosto una soluzione interna closed-source, è preferibile un pacchetto open-source.

Questa domanda è diventata importante man mano che cresce la spinta per una maggiore riproducibilità nella ricerca computazionale. L'uso di software closed-source è una parte accettabile della ricerca nella maggior parte dei campi, tuttavia, il seguente punto di vista enunciato da John Claerbout sta diventando sempre più diffuso:

Un articolo su un risultato computazionale è la pubblicità, non la borsa di studio. La borsa di studio effettiva è l'ambiente software completo, codice e dati, che ha prodotto il risultato.

Da questo punto di vista, se ti affidi a codice closed-source, non puoi pubblicare completamente la tua ricerca.

Problemi con il software closed source nella scienza

Ci sono più preoccupazioni:

• Come hai detto, se qualcun altro cerca di riprodurre il tuo risultato e ottiene una risposta diversa , potrebbe essere impossibile risolvere la discrepanza.
• L'implementazione del software potrebbe contenere bug . In effetti, tutto il software ha bug e qualsiasi software open source che utilizzi sarà suscettibile anche a questo. Ma con il software closed source non hai il diritto di ispezionare il codice per trovare bug da solo, né puoi risolverli da solo se li scopri.

Entrambe queste cose sono questioni di principio; in pratica, la risoluzione delle discrepanze e la ricerca / correzione di bug rilevanti è anche una sfida importante con il software open source (ma è almeno qualcosa che puoi plausibilmente fare).

Suggerimenti per mitigare il impatto del codice closed-source sulla riproducibilità

1. Pubblica tutto il tuo codice . Probabilmente hai alcuni script che chiamano il software proprietario, o almeno alcuni file di input che impostano il problema da risolvere. Di solito, questi script contengono la maggior parte delle novità nella tua ricerca, quindi ciò che è in essi è spesso più importante per gli altri ricercatori di ciò che è nel sorgente proprietario.

2. Utilizza più approcci indipendenti per confermare i tuoi risultati . Ciò riduce la probabilità che un bug influisca sui risultati. Nella mia ricerca, questo lavoro extra a volte è stato ripagato scoprendo bug (che portavano a risultati errati) nel software proprietario.

3. Comprendere gli algoritmi codificati nel software e i loro punti deboli . Anche se non puoi vedere la fonte, di solito puoi imparare quali metodi di calcolo contengono. Una volta che conosci le circostanze in cui questi metodi sono (o non sono) affidabili, puoi verificare se è probabile che forniscano risultati affidabili per il tuo problema (ad esempio, controllando il numero di condizione di una matrice che inserisci in qualche software di algebra lineare ).

4. Tieni presente che alcuni software commerciali sono solo un'interfaccia carina per il codice open-source . Ad esempio, la funzione eigs di MATLAB per calcolare gli autovalori di matrici sparse è solo un sottile involucro attorno al pacchetto open source ARPACK. Se lo usi, in realtà non fai affidamento su molto (se esiste) codice closed-source.

Ovviamente, dovresti anche seguire le migliori pratiche delineate nella letteratura (ad esempio, in questo articolo o nei numerosi riferimenti collegati qui) sulla scienza computazionale riproducibile.

La legge si occupa di ciò che fai; l'etica riguarda più cosa è una scelta migliore e perché è migliore. La risposta alla tua domanda dipende dal perché utilizzi il software proprietario.

• Se questo è l'unico modo per ottenere il risultato, allora ovviamente puoi e dovresti usare esso. Non importa se il codice è proprietario: se questo è l'unico modo per risolvere il problema, allora tutti possono usarlo o cercare di usarlo. Tuttavia, non sono sicuro che esista un tale software, quindi forse questo è un esempio di modello.
• Se puoi scegliere tra un software proprietario W e un software open source gratuito L, la scelta è tua rendere. Se i tuoi metodi sono ben documentati, i tuoi colleghi possono riprodurli in W (se ce l'hanno) o ricreare un algoritmo nel software L (questo accade spesso). Ci sono alcuni vantaggi nell'usare W e altri nell'usare L. Per gli accademici come una grande comunità sarebbe meglio se tutti usassero lo stesso software open-source e contribuissero al suo sviluppo. Tuttavia, i tuoi obiettivi personali possono essere diversi e non è immorale metterli al primo posto. Puoi scegliere W perché è un software scritto meglio, funziona più velocemente, ha un aspetto migliore e sei più produttivo con esso. Va bene.
• Tuttavia, se hai scelto W perché sei pagato da un'azienda M che lo produce, e non lo dici, ma invece pubblicizzi W sui tuoi giornali e incoraggia tutti a comprarlo , allora sì, non è etico.
• Se scegli W perché sai che i tuoi concorrenti, che probabilmente rivederanno il tuo articolo, provengono da un paese del terzo mondo senza accesso a W, e non Mi piace particolarmente W, ma usalo per nascondere del vudù statistico sporco nel codice che nessuno può riprodurre - sì, questo non è etico.

Nota che "Proprietario" e "Sorgente chiuso" non sono la stessa cosa. Ad esempio, MATLAB (un software commerciale proprietario) viene effettivamente fornito con codice leggibile per la maggior parte delle funzioni che implementa. Non sei autorizzato a riutilizzare questo codice (da qui "closed source"), ma puoi ispezionarlo se hai discrepanze di calcolo che devono essere spiegate.

Anche quando il codice sorgente non è disponibile, di solito viene documentato quale algoritmo è implementato da una data funzione closed-source. Quindi, se qualcuno non è in grado di riprodurre i tuoi risultati utilizzando software closed-source, può trovare implementazioni open-source dell'algoritmo che sospetta non siano corrette nel software che hai utilizzato e confrontare i risultati utilizzando tali implementazioni. Certo, richiede tempo, ma non aspettarti che l'utilizzo di software open source in qualche modo renderà i tuoi risultati riproducibili al 100% senza alcuno sforzo. I tuoi colleghi dovranno comunque eseguire la versione esatta del software sull'ambiente del computer esatto per essere sicuri che otterranno esattamente gli stessi risultati e tali versioni e ambienti probabilmente non saranno disponibili tra 10-20 anni. Dopodiché, lo stesso processo dispendioso in termini di tempo si applicherà anche al software open source.

Suppongo che qui non si utilizzino pacchetti software che mantengono segreti gli algoritmi utilizzati per implementarlo. Sicuramente vorrai evitare di usarli, non solo per motivi di risultati riproducibili, ma perché i risultati ottenuti con mezzi sconosciuti non hanno alcun valore scientifico.

Aggiungerò qui un'ulteriore prospettiva: se riesci a ottenere un risultato straordinario basato sull'analisi eseguita in un pacchetto closed source per il quale non è disponibile alcuna implementazione open source o per il quale lo stesso è poco sviluppato, quindi fornisci immediatamente un forte incentivo agli sviluppatori della comunità scientifica senza accesso a quel pacchetto, ma con il desiderio di riprodurre i risultati, uscire e iniziare a lavorare sul miglioramento alternative open-source a detto software commerciale.

Questo è un duplice vantaggio. Nel primo caso, stai aiutando a incoraggiare lo sviluppo di nuovi strumenti open-source e, in secondo luogo, lo sviluppo parallelo di tali strumenti aiuta a fornire controlli reciproci per entrambi. Direi di utilizzare ciò che funziona, ciò che è più appropriato e qualsiasi cosa ti aiuti a svolgere il lavoro al meglio nei limiti del tuo budget. Se non sei in grado di contribuire con migliori strumenti open source alla comunità, lascia che gli altri prendano quella fiaccola. La produzione di risultati scientifici utili, unici e interessanti è esattamente il tipo di cosa che stimola in primo luogo quel tipo di sviluppo.

In un certo senso, l'utilizzo di un pacchetto closed source può effettivamente essere un catalizzatore per lo sviluppo open source, quindi stai ancora aiutando in modo indiretto. Se ci sono, tuttavia, alternative open source al pacchetto closed source che hai utilizzato, allora dovrebbe essere banale per altri riprodurre i tuoi risultati con le proprie implementazioni con strumenti gratuiti e non c'è, quindi, alcun problema etico. Semmai, offre l'opportunità di testare lo stesso risultato con due strumenti diversi e questo è sempre meglio, nella scienza, che riprodurre il risultato utilizzando lo stesso strumento. Puoi controllare sia gli strumenti (uno contro l'altro) che la scienza allo stesso tempo. Bonus.

Se scrivi "i risultati sono stati elaborati con il software X v X.X utilizzando le seguenti impostazioni e l'output stampato era", questo smette di essere scienza e diventa più simile a una magia. Gli algoritmi devono essere completamente documentati da qualche parte e comprensibili affinché la ricerca sia la scienza.

È completamente possibile soddisfare questo requisito per il software proprietario, se gli algoritmi sono descritti correttamente nella documentazione dell'utente, o il software proprietario crea solo la piattaforma di esecuzione e gli algoritmi stessi sono codificati sopra di essa (Matlab, compilatore C proprietario, ecc.). Idealmente, anche il codice proprietario dovrebbe essere disponibile per la revisione con una licenza restrittiva.

Sfortunatamente molto spesso gli strumenti proprietari tendono a nascondere i dettagli esatti dell'algoritmo, a mantenere segrete le parti importanti del codice e, a causa di ciò, non piacciono la comunità scientifica. Nessuno vuole pubblicare un articolo solo per scoprire i risultati successivi sono riproducibili solo dalla singola versione del singolo strumento proprietario, molto probabilmente a causa di bug banali.

Decidi tu stesso:

posso sostenere, in base alla mia esperienza personale, che l'utilizzo di software closed-source porta a escludere un numero considerevole di potenziali ricercatori (o costringerli a ottenere copie illegali in un mercato grigio) . Ho lavorato per diversi anni in un'area in cui Matlab è uno strumento standard (lo è ancora, dopo 20 anni :-(), e poi ho accettato un postdoc in un luogo che non aveva licenze Matlab (non tutti i dipartimenti CS ce l'hanno anche nelle buone università in Germania, in quanto potrebbero non avere una licenza a livello di campus, e mentre in Engineering hanno sicuramente Matlab, è abbastanza discutibile in CS).

Fondamentalmente ho dovuto sospendere ogni corso Progetto relativo a Matlab (poiché acquistare una licenza Matlab sufficientemente completa con uno stipendio postdoc non era un'opzione ...)

(E una volta ho praticamente rubato una licenza Mathematica in un dipartimento che stavo visitando, per il stessa ragione. :-))

Un altro caso, ancora più difficile, è Magma (meno noto di Matlab, ma ancora quasi standard nelle aree relative alla teoria algebrica dei numeri, alla teoria dei gruppi e altro), il che rende estremamente difficile ottenere una licenza per chiunque al di fuori di una cerchia consolidata di università selezionate, a meno che tu non sia negli USA con il loro più grande cliente che è NSA :-)).

EDIT: Mi è stato detto che sto sostenendo il doppio standard (menzionando costosi strumenti per gli esperimenti), ma non lo sono. Il software scientifico è spesso molto vicino alle pubblicazioni scientifiche di quanto lo sia agli strumenti scientifici. Nel caso di un'alternativa gratuita a uno strumento costoso, non scegliere un'alternativa gratuita è come scegliere un editore costoso ed esclusivo per il tuo lavoro, piuttosto che pubblicare sul Web.

EDIT2: Inoltre, problemi di affidabilità dei software di ricerca closed-source sono ben documentati in letteratura; forse il più noto al momento è la storia di un bug in un calcolo determinante in Mathematica. Ci è voluta la pubblicazione in una fonte di così alto profilo come Avvisi dell'AMS per Wolfram Ic per risolverlo. Con l'open source normalmente la correzione di un tale bug avviene molto più velocemente, o almeno sarebbe pubblicamente visibile su un bug tracker.

Sì, non è etico ^* .

Ci sono quattro aspetti del software di cui parli che sollevano problemi etici: Essere closed source , essere proprietario e due aspetti che non hai menzionato ma che sono caratteristici del software proprietario closed-source: richiedono un pagamento (non trascurabile) e richiedono l'accettazione di un licenza restrittiva per l'utilizzo.

Problemi con il software closed-source :

• Il suo uso ostacola la riproducibilità (vedere @ DaveKetcheson's answer)
• Il suo utilizzo ostacola la risoluzione di risultati / affermazioni di ricerca contraddittori).
• L'uso di software closed-source ostacola il sviluppo del software: il tipo specifico di applicazione che stai utilizzando e in generale. IMHO.
• Mette i fornitori di software in una posizione di potere su noi stessi, e quindi indirettamente sulla nostra ricerca e sulla comunità interessata alla nostra ricerca. Esempi famosi includono spionaggio governativo, sabotaggio tra stati e collegamenti hardware.

Problemi con software proprietario (e le sue licenze tipiche):

• Crea restrizioni artificiali alle nostre libertà come ricercatori e utenti:
  • Per eseguire il software in qualsiasi modo e dove sia vantaggioso per la nostra ricerca;
  • Applicare le lezioni apprese dallo studio del programma nel nostro lavoro di ricerca e possibilmente modificarlo per adattarlo meglio alla nostra ricerca (potrebbe essere tecnicamente possibile con accesso alla fonte ma legalmente vietato);
  • Distribuire copie per la riproduzione e ulteriore lavoro ai ricercatori all'interno del nostro gruppo / istituzione e ad altri;
  • Per distribuire copie delle nostre modifiche e adattamenti all'interno dei nostri gruppi di ricerca e ad altri;
• Spesso influisce su rapporti di potere simili tra venditore e utenti anche senza che la fonte venga chiusa. Ad esempio, un fornitore influisce sul collegamento hardware vietando l'installazione legale su hardware non autorizzato.

Problemi con il software che richiede un pagamento per l'uso:

• Crea un onere eccessivo per altri ricercatori che desiderano (1) valutare / rivedere (2) illustrare i limiti / difetti o (3) estendere e migliorare i risultati.
• Se aumenta la pressione su altri ricercatori affinché acquistino software simile per tenere il passo - e questo è un effetto indiretto su tutti i ricercatori nel tuo campo.
• Se diminuisce l'impulso e la disponibilità di fondi per lo sviluppo di software libero (= gratis, libero) per fare lo stesso.

(*) ... ma con tutto ciò detto - questi aspetti non etici pesano sul potenziale beneficio pubblico nell'ottenere e pubblicare i risultati della ricerca. Assicurati di impilare equamente entrambi i lati della scala quando prendi la tua decisione e di pensare agli altri oltre che a te stesso.

Penso che dobbiamo andare alla base della domanda; la risposta alle domande etiche inizia con la morale (la scienza del bene e del male). Nello specifico, dovremmo chiederci ... * stiamo commettendo qualche inganno nei confronti di qualcuno coinvolto? (ad esempio, abbiamo divulgato tutto ciò che riguarda la ricerca, inclusi tutti i potenziali conflitti di interesse?) Mettiti nei panni degli altri: cosa vorrei che facesse qualcun altro se di fronte alla mia situazione, e avevo un interesse nella ricerca? * ci stiamo appropriando di qualcosa che non ci appartiene?

Se non riusciamo a identificare una specifica obiezione morale , procediamo all'etica specifica del campo, vale a dire: * è esiste un codice etico specifico per il campo in cui ci si è impegnati e che violerebbe? (Es. Giuramento di Ippocrate, in medicina, privilegio avvocato-cliente, ecc.) Hai firmato un accordo con il tuo datore di lavoro?

Infine, dovremmo procedere ad analisi "senza valore": costi / benefici, relativi praticità e disponibilità di alternative, risultati ragionevolmente attesi.

Si noti che collocare quest'ultima categoria nella posizione più alta significa ignorare del tutto l'etica e correre il rischio di giustificare mezzi discutibili con buoni fini - sempre un pericolo segno.

Spero che questo aiuti!

12/08/16 EDIT: dovrei aggiungerlo in base ai criteri di cui sopra, e le informazioni e le opinioni che ho visto finora (incluso questo thread), la risposta è no, non è immorale, di per sé (cioè, di per sé).

Ci sono circostanze in cui potrebbe diventare immorale, ma questo è diverso. Ad esempio, se scegliessi il software closed source perché tale scelta è stata a tuo vantaggio finanziario personale, sarebbe chiaramente immorale. O se sapessi di poter sfruttare una caratteristica o un bug in quel software per svantaggiare un concorrente scientifico, o ottenere un risultato più favorevole. In altre parole, le motivazioni contano molto.

Ad esempio, qualcuno sopra ha menzionato una motivazione di "marketing". Ciò diminuirebbe chiaramente l'accettazione / fiducia delle persone nei tuoi risultati se fossero divulgati.

Come in politica, il sole è il miglior disinfettante. Ovvero, divulgare tutto ciò che puoi ragionevolmente aspettarti possa influenzare l'accettazione dei tuoi risultati da parte di revisori non fidati.

"Libero" non sempre significa "libero" quando si considerano tempo e impegno. La ricerca può essere costosa. Se qualcuno può acquistare un pacchetto e quel pacchetto viene fornito con un buon supporto e una documentazione eccellente che potrebbero farmi risparmiare tempo in un progetto di ricerca, sarebbe difficile credere che sarebbe più economico utilizzare l'open source se ci volesse più tempo. In effetti, mi spingerei a dire che se non avessi speso $ 2K per accelerare il mio lavoro, lasciando la mia agenzia di finanziamento a pagare lo stesso importo per una produzione inferiore, è più eticamente discutibile rispetto all'utilizzo del pacchetto proprietario. (Supponendo, ovviamente, che l'open source sia meno conveniente e che il closed source sia disponibile per tutti coloro che possono pagare - e sì, so che quelle non sono le uniche situazioni là fuori, quindi per favore non preoccuparti sottolineando le eccezioni in cui non è vero).

Corro Matlab, e corro Octave. Sono simili, ma ho un'esperienza più senza problemi con Matlab, quindi è su questo che tendo a fare doppio clic.

... e sì, uso MOLTO software open source, dove fa la mia vita è più facile. Raccomando anche SOLO l'open source agli studenti (... tranne Matlab, che ha una generosa licenza per studenti), perché ogni volta che menziono un pacchetto costoso a uno studente, il giorno successivo si presenta con una versione pirata, e io no desidera contribuire o incoraggiare il furto di proprietà intellettuale.

Non credo che questo sia un problema. Ad esempio, molti ricercatori biologi utilizzano Photoshop per elaborare le proprie immagini. Suppongo che il software open-source sia preferito da molti poiché è più in linea con i principi della ricerca aperta, ma assicurarsi che la tua metodologia sia solida e riproducibile è molto più importante in quasi tutte le situazioni.

Non dovrebbe importare. La maggior parte delle calcolatrici scientifiche, ma non tutte, calcolano i seni allo stesso modo. Sai come la tua calcolatrice calcola i seni?

Alcuni software gratuiti sono semplicemente inferiori. Un esempio specifico è OpenOffice. Per quanto sia meraviglioso, fallisce in alcune attività che Microsoft Office gestisce con disinvoltura e non ne tenta nemmeno altre.

E se usassi una gas-cromatografia Hewlett-Packard perché è l'unica che abbia mai avuto usato e qualcun altro ottiene risultati diversi usando un'altra marca? Sono responsabile?