Quando il mio supervisore mi ha proposto il dottorato, si trattava di analizzare i "big data". Avevo esperienza BSc / MSc in biologia di laboratorio umido (principalmente colture di cellule), tuttavia volevo espandermi in Bioinformatica poiché sono, e sono sempre stato, abbastanza bravo nella programmazione in C e nell'analisi dei dati in generale.
Ho scelto questo particolare dottorato di ricerca perché l'idea era di prendere un particolare tessuto da un topo, eseguire tutti i tipi di test diversi sullo stesso pool di cellule e quindi creare un'analisi che essenzialmente avrebbe ottenuto più informazioni dai dati di quanto un solo test potrebbe dirci, integrando i dati insieme in modi intelligenti. Quello era comunque il piano.
Ciò che è realmente accaduto è stato che il protocollo per estrarre questo tessuto dal topo non era ancora stato sviluppato, e senza il tessuto non ci sarebbe stato il sequenziamento e senza il sequenziamento ci sarebbe stato nessun dato. Quindi per il primo anno ho dovuto rimboccarmi le maniche (in senso figurato) e imparare come uccidere un topo in modo rapido e indolore, per ritagliare e purificare quel tessuto di cui avevo bisogno per il sequenziamento. Di nuovo, in realtà, non era così semplice. Anche se non hai / non hai bisogno di una licenza in Germania / Europa per uccidere un topo sano ed estrarre del tessuto (solo per ucciderlo in modi stressanti, o se è un topo con un fenotipo speciale), ti sento dovrebbe ancora idealmente essere insegnato. Sfortunatamente, sebbene altri dottorandi / postdoc nel mio laboratorio lavorino con i topi, non riuscivo a convincere nessuno a insegnarmi in quel momento, quindi l'intera esperienza è stata piuttosto traumatica. Ho iniziato riempiendo le gabbie con CO2 (completamente) e poi inserendo i topi, piuttosto che quello che ora so che dovresti fare, che è aumentare lentamente la CO2. Questo mi perseguiterà per sempre. In seguito ho imparato a fare la lussazione cervicale, che è meglio per tutti.
Tuttavia, dopo essere stato in grado di sacrificare ed estrarre il tessuto di cui avevo bisogno, ho iniziato a chiedermi di fare esperimenti sempre più francamente grotteschi. Prosciugando tutto il sangue da un topo semicosciente. Impianto di elettrodi. Esperimenti in cella frigorifera. Posso pensare a molti altri, ma non è proprio adatto qui. Ovviamente questo era tutto legale e onesto - e una scienza importante che doveva essere fatta - tuttavia non posso continuare personalmente a fare questo tipo di lavoro. Mi fa sentire un po 'male e, cosa più importante, mi odio per averlo fatto. Quello che era iniziato come probabilmente 20-40 mouse per i dati di cui avevo bisogno, ora è probabilmente a 500-600. Forse di più. Ho smesso di contare.
Ma la realtà che affronto ora è che mancano ancora 2 anni al mio dottorato di ricerca e non posso / non posso continuare per altri 24 mesi. Ho spiegato la situazione al mio investigatore privato, ma lui mi dice abbastanza schiettamente: "questo è ciò che ti viene richiesto di fare come parte del tuo dottorato di ricerca". In un'occasione ha detto che se non l'avessi fatto, va bene, ma "non avrai abbastanza dati per la tua difesa di dottorato".
Ovviamente è una sciocchezza totale. Ho già pubblicato e l'analisi dei dati - che ora sto dedicando la maggior parte del mio tempo - è andata alla grande. Presto pubblicherò anche alcuni strumenti. Il problema è che se smetto di uccidere i topi, il mio capo mi renderà davvero le cose infelici per i prossimi due anni - e il risultato finale potrebbe anche essere che mi venga chiesto di smettere di lavorare al dottorato. Non so esattamente come o attraverso quale meccanismo verrei cacciato dal dottorato, ma il mio capo / PI è ovviamente molto più anziano di me e mi paga ogni mese (cosa che mi ricorda, ogni mese), e sappiamo entrambi che se non uccido i topi, dovrà farlo qualcun altro.
Cosa dovrei fare?
EDIT: Per rispetto del sistema di dottorato tedesco, devo sottolineare che il mio supervisore non è tedesco e sono fiducioso che un altro supervisore avrebbe gestito la questione in modo molto diverso. Anche se non sono sicuro che si tratti di un caso isolato, non credo che in questo scenario ci fosse qualcosa che l'Istituto (o l'Università affiliata) avrebbe potuto fare meglio / in modo diverso.
Onestamente, il messaggio da portare a casa per me è che vorrei aver fatto questa domanda prima, aver ricevuto tutte le parole gentili e incoraggianti prima, e poi forse avrei avuto il coraggio di fare la cosa giusta prima che diventasse qualcosa di più difficile. Grazie mille a tutti!