Uno dei motivi per cui la scienza ha avuto così tanto successo è che gli scienziati trattano la conoscenza e gli strumenti come beni pubblici. Non accumuliamo conoscenza, ma piuttosto scriviamo articoli, condividiamo tecniche, offriamo suggerimenti, ecc. Ci sono certamente casi in cui la condivisione non è vantaggiosa, ma questi sembrano non applicarsi qui. Quindi ovviamente dovresti condividere il tuo programma per computer! Dovresti condividerlo con le persone che ti piacciono, le persone che non ti piacciono e le persone che non conosci nemmeno.

Idealmente in questa situazione dovresti rendere il tuo programma pubblicamente disponibile.

Dare ad altri l'accesso a questo codice non ti impedisce di usarlo e ti aiuterà a costruire una reputazione nel tuo campo.

Non solo, ma rendendolo disponibile pubblicamente anziché solo al tuo consulente non c'è il rischio che rivendichi il tuo lavoro come proprio, che presumo sia la tua preoccupazione principale con l'attuale equilibrio di potere della tua relazione.

In quanto persona che lavora nel campo dell'informatica scientifica, sono d'accordo con ciò che dicono gli altri e probabilmente farei un ulteriore passo avanti. Per dirla in modo iperbolico:

Rifiutare richieste ragionevoli di codice utilizzato in un articolo pubblicato è una condotta etica.

Se ti sei affidato all'output di un programma per produrre il tuo risultato scientifico, allora Il programma fa parte dei "materiali" della tua carta e si applicano le stesse linee guida per la condivisione di altri materiali utilizzati per la realizzazione della carta. Proprio come sei eticamente obbligato a rendere ragionevolmente disponibili (non disponibili in commercio) plasmidi, linee cellulari, ceppi di topi, ecc. Che hai generato per la tua ricerca pubblicata, sei anche obbligato a rendere disponibile il (non disponibile in commercio) codice che hai generato per la tua ricerca pubblicata.

Questo è ancora più applicabile al codice, poiché il codice non è solo un "materiale", ma anche un "metodo". Anche se dovresti certamente descrivere l'algoritmo nel testo, in genere c'è un gran numero di dettagli che sono evidenti solo esaminando il codice. È improbabile che un ricercatore sia adeguatamente in grado di ricapitolare i risultati di una reimplementazione dell'algoritmo dalla sola sezione dei metodi. Ciò è particolarmente vero nel caso (improbabile?) Di avere un bug. Non rilasciare codice equivale a dire semplicemente "Abbiamo purificato la proteina" o "Abbiamo misurato la X" nella sezione dei metodi: mancano i dettagli necessari affinché qualcuno riproduca adeguatamente i tuoi risultati.

Ovviamente, " ragionevolmente "è presente nei requisiti di rilascio, ma i rifiuti" ragionevoli "per i materiali di laboratorio umido tendono a considerare la disponibilità e il tempo: attualmente non ce n'è abbastanza da condividere o sarebbe un onere significativo per il laboratorio inviarvelo. Questi tendono a non richiedere il software: puoi fare tutte le copie che vuoi ed è economico farlo.

Il rifiuto "ragionevole" del software tende a creare problemi di licenza. Ad esempio, se non hai la capacità legale di distribuire il codice a causa delle librerie che hai utilizzato. Oppure, se il tuo istituto vende il codice in commercio, potresti dover richiedere ad altri di ottenere il software in commercio.

Nel tuo caso, non sembra che tu abbia un motivo basato sullo sforzo o sulla licenza per rifiuto. Non sembra nemmeno che tu ti stia rifiutando a causa della potenziale concorrenza ("enorme differenza nei nostri interessi di ricerca e prospettive"). Invece, sembra che tu stia più rifiutando perché stai nutrendo un rancore. Questo non è buono. Certamente accade che gli altri agiscano in quel modo, ma penso che la maggior parte delle persone sarebbe d'accordo sul fatto che rifiutare richieste ragionevoli di condivisione di metodi e materiali a causa del risentimento non sia etico.

Se hai scritto il codice come parte del tuo lavoro come candidato al dottorato di ricerca e sei stato considerato un dipendente dell'istituto come candidato al dottorato, l'istituzione potrebbe possedere i diritti di proprietà intellettuale sul codice che scrivi regole per il noleggio). Questo ovviamente dipende dalle leggi del paese in cui risiede la tua istituzione.

Se hai scritto un codice essenziale per alcuni lavori futuri del tuo supervisore e che riflette un importante contributo intellettuale, allora (a) dovrebbe essere citato se esiste una pubblicazione che descrive il codice; o (b) dovresti essere un autore di pubblicazioni che utilizzano il codice.

In ogni caso hai la responsabilità morale (e possibilmente legale) di condividere il codice; il tuo supervisore ha la responsabilità reciproca di riconoscere adeguatamente il tuo contributo. Idealmente dovresti pubblicare il tuo metodo (ad esempio Frontiers Neuroinformatics), e poi può essere citato nel lavoro accademico.

Molte persone hanno menzionato la possibilità di rendere disponibile il tuo codice, e io lo sostengo completamente. Ma per essere più specifici, mettilo su GitHub.

I repository pubblici sono gratuiti, conserva una cronologia delle versioni del tuo lavoro in modo che anche tu non possa rovinarlo in un terminale, e altri possono diramare il tuo codice in un'altra direzione e svilupparlo, il tutto mantenendo il riferimento appropriato a te come creatore. Puoi includere la tua licenza nel repository ; spesso ne vuoi uno che consenta l'utilizzo gratuito ma richiede una citazione. GitHub lo automatizza anche per te.

Puoi anche spiegare il tuo codice e lasciare collegamenti al tuo sito web / lavoro pubblicato / ecc. Utilizzando markdown nel file readme.md

Quindi, quando qualcuno come il tuo professore chiede il tuo codice, condividi semplicemente il tuo link GitHub.

È generalmente considerata una buona pratica pubblicare codice che utilizzi per ricerche / analisi relative a cose che pubblichi. Non tutti lo fanno, ma molte persone non seguono le migliori pratiche.

Non pubblicarlo è come mantenere una parte dei tuoi metodi segreti o usare chimica riservata.

Se l'hai usato per altre pubblicazioni, non dovresti solo fornirglielo: dovresti fornirlo a tutti coloro che potrebbero voler ispezionare / replicare il tuo lavoro.

Inoltre, come qualcuno che lavora in un dipartimento di neurologia che scrive molto codice: Sì, le citazioni per l'analisi contano ancora positivamente, non tanto quanto le citazioni per cose nella tua specifica specialità, ma ti mostra come qualcosa di più ben arrotondato.

Il codice utilizzato nella ricerca dovrebbe essere sottoposto a peer review come qualsiasi altro metodo comunque.

Per prima cosa: scopri chi è il proprietario! Non sono un avvocato. A seconda della situazione, del paese, ecc., Il codice potrebbe già appartenere all'istituto, al gruppo di ricerca ecc. Prima di rifiutare, assicurati innanzitutto che sia davvero una tua decisione.

Se è tua, suggerisco di renderla licenza che richiederà di menzionarne l'uso quando vengono utilizzati i risultati e di condividere i miglioramenti con te.

Leggi le politiche della tua istituzione.

La tua posizione presume che tu possieda il copyright per detto codice, e questo è falso in generale. Ciò dipenderà fortemente dall'università che frequenti, dal tuo status formale di studente / personale e dalle istituzioni che ti finanziano, ma ci sono molti casi in cui il copyright per i risultati della ricerca di un dottorando spetta all'università. Inoltre, in questi casi, la persona responsabile di questa parte di proprietà intellettuale è solitamente il tuo diretto superiore, ovvero il tuo supervisore.

Ciò significa che il tuo supervisore potrebbe avere il diritto legale di richiedere che le dai il codice e che ti astieni dall'usarlo in ulteriori ricerche al di fuori della tua attuale istituzione. Ciò significa che la tua prima tappa qui deve essere verificare che non sia effettivamente così.

Uno dei miei amici si è trovato in una situazione simile. Non era disposto a dare le sue note LaTeX al nostro capo, perché un ex postdoc del gruppo lo aveva fatto prima e il nostro capo (secondo loro) pubblicava cose nelle note senza dare a questo ex postdoc co-autore. Di conseguenza, il rapporto tra il mio amico e il mio capo in quel momento si è inasprito e il mio amico ha perso alcune opportunità di lavoro a causa di pessime lettere di raccomandazione.

Io, d'altra parte, condivido sempre i codici. I codici non sono pensati per i consulenti che raramente hanno il tempo di immergersi in essi. Sono pensati per i futuri studenti laureati che hanno il tempo di imparare da loro e, a volte, capita di trovare insetti a cui non abbiamo mai pensato.

Potrebbero esserci alcune regole, come hanno detto altri poster, sulla condivisione della proprietà intellettuale generata mentre si lavora all'università, e il tuo consulente potrebbe provare a farle rispettare, a seconda del tuo rapporto con loro. Invece di rifiutare, preferirei chiedere di essere citato correttamente e, se è necessario del lavoro extra per aiutarla a eseguire il codice, dovresti dirle che desideri la co-autore degli articoli.

Se devi rifiutare, rifiutare di persona o rifiutare per telefono. Non mettere nulla per iscritto, a meno che tu non sia assolutamente sicuro dei tuoi diritti.

Dato che il tuo consulente ti sta rendendo assistente di ricerca, tieni presente che potrebbe implicitamente acquistare anche la tua futura collaborazione. Dopo tutto, se il tuo codice è sufficientemente complesso, potrebbe richiedere la tua esperienza per installarlo, capirlo, eseguirlo correttamente e possibilmente modificarlo.

In tal caso, potresti sfruttare il fatto che non hai il tempo di lavorare con lei, né il tempo di ripulire il tuo codice per renderlo più leggibile o utilizzabile in questo momento. Oppure potresti semplicemente rifiutare la sua richiesta senza giustificarti con lei (ma ancora una volta, non mettere niente di tutto questo per iscritto, diglielo di persona o al telefono, se non sei assolutamente sicuro dei tuoi diritti).

E alcune persone hanno detto che potresti voler essere citato per il tuo codice sorgente, ma potrebbe anche essere che non vuoi che il tuo nome sia associato al suo progetto. Quindi potresti chiedere anche quello, se lo desideri.

O forse, potresti fissare l'obiettivo di rilasciare il codice sorgente, ma solo un anno o due da adesso, quando sarà il momento, lo sarà anche tardi per lei per usarlo nella sua borsa di studio. O forse potresti rilasciare una vecchia versione meno utilizzabile del codice.

O se la tua relazione è finita davvero male, potresti semplicemente dirle che non le aiuterai e che non vorresti che lo facesse mai contattarti di nuovo. E poi, potresti creare un filtro che ti assicuri di non vedere mai più i suoi messaggi di posta elettronica.

Il punto è che hai molte opzioni. È solo che non sono molto chiaro sul motivo per cui hai rifiutato la sua richiesta. Se conoscessimo il motivo esatto, forse potremmo fornirti una risposta più esatta.

Ecco cosa consiglierei: scrivi un articolo che utilizzi e spieghi il codice. Quindi, quando condividi il codice, chiedi a chiunque lo condividi di citare il tuo articolo.

Un buon esempio è qui: http://www.modelinginfectiousdiseases.org/. Leggi l'ultima riga, dove del codice è distribuito con la riga "se usi uno qualsiasi dei programmi nella tua ricerca, ti chiediamo di fare riferimento a ..."

Specialmente nel tuo caso in cui dici di avere interessi di ricerca diversi, e così il tuo consulente non sarà in competizione con te, stai solo buttando via citazioni gratuite (e buone lettere di raccomandazione) se ti rifiuti di condividere. Il fatto che nessuno abbia dato una buona risposta a "come rifiutare" è perché non possiamo pensare a nessuna buona giustificazione per farlo. Se hai davvero bisogno di una risposta a questa domanda, devi spiegare qual è il motivo per farlo. "Non voglio collaborare" non è un buon motivo.